本局設下列科、室，分別掌理各有關事項：
一、醫事管理科：醫事機構及人員管理、醫療品質管控、航空城國際醫療
        規劃及推動、縣立醫院管理、緊急醫療救護、山地醫療、災害防救應
　　變、精神醫療照護、精神護理及復健機構管理等事項。
二、健康促進科：婦幼、成人中老年健康管理促進、癌症與慢性病篩檢、
　　健康體能、社區健康營造、健康城市、安全社區、菸害防制及衛生所
　　管理等事項。
三、食品藥物管理科：食品藥物化妝品管理與危害事件調查處理、管制藥
　　品稽核與濫用防制、藥事機構、人員、業者管理、國民營養增進及膳
　　食調查等事項。
四、疾病管制科：各類傳染病監測及管理、醫療機構感染控制、預防接種
　　、國際防疫、外籍勞工健檢管理、營業衛生及社區防疫管理等事項。
五、長期照護科：長期照護機構及人員管理、特殊照護與個案管理、身心
　　障礙鑑定及外籍監護工申請審核等事項。
六、心理健康科：心理衛生、自殺防治、家暴及性侵加害人醫療處遇與藥
　　物濫用及毒品防制業務等事項。
七、衛生稽查檢驗科：人民申請案現場履勘、人民陳情及檢舉違規案件稽
　　查、各業別例行或計畫性稽查、抽驗及輔導，以及食品、藥物、化妝
　　品、水質衛生與公共衛生檢驗等事項。
八、綜合企劃科：綜合業務規劃、研究發展、計畫管考、國際衛生合作、
　　公共關係、議事、推動衛生資訊作業及法制等事項。
九、秘書室：文書、檔案、出納、採購、財產、庶務管理及不屬於其他單
　　位事項。